El equipo de trabajo de Yanapanakusun está conformado por educadoras, psicólogas, antropólogas y promotoras sociales, equipo interdisciplinario con capacidad para la prevención y atención con enfoque comunitario e intercultural. Uno de los rasgos más importantes del equipo es que el 80% es quechua hablante, lo que garantiza relaciones de confianza y comunicación efectiva con la población, y posibilita que, desde el enfoque intercultural, se promueva el intercambio de experiencias, así como la recuperación de saberes. El equipo participa en diversas redes -públicas y privadas- procesos que promueven el diálogo transversal entre el enfoque de género y el enfoque intercultural.

Con relación al área administrativo-financiera, Yanapanakusun cuenta con profesionales que garantizan la gestión financiera y de contabilidad, cuyo trabajo se encuentra bajo la supervisión directa del director ejecutivo, quien, a su vez, es contador de profesión. La calidad de la gestión administrativa de Yanapanakusun ha hecho que, desde 2024 Tierra de Hombres – Italia, debido a que ha cerrado oficinas en Perú, transfiera a Yanapanakusun la administración, coordinación y acompañamiento de los proyectos que ejecuta en el país.